In der Nachkriegszeit gab es in Berlin so gut wie niemanden, der sich für den geschichtsträchtigen Ort auf dem ehemaligen Prinz-Albrecht-Gelände (Niederkirchner Straße) interessierte. Viele Jahre war hier Schutt abgeladen worden. Daneben gab es ein Autodrom, wo Fahranfänger für den Führerschein üben konnten. Der Berliner Senat wollte quer über das Gelände eine Verbindungsstraße bauen und war trotz internationaler Kritik nur schwer von diesem Plan abzubringen.

Der heutige Leiter der Gedenkstätte, Andreas Nachama, war 1979 durch einen Hinweis seiner Mutter auf den Ort aufmerksam geworden. Danach setzte er sich vehement für die Einrichtung einer Gedenkstätte ein. Doch erst 1987 verständigte man sich auf eine provisorische Lösung mit einem Pavillon. Den Wettbewerb zur Errichtung eines festen Gebäudes gewann 1993 der Schweizer Architekt Peter Zumthor. Doch dessen Pläne erwiesen sich bald als unrealistisch und unbezahlbar. Die Baukosten verdoppelten sich von 38 Millionen D-Mark auf 38 Millionen Euro.

Probleme der Statiker mit dem hoch gestellten Kasten aus weissen Betonstäben sowie insolvente Baufirmen führten 2004 zur Einstellung des Bauvorhabens. Die bereits fertig gestellten drei Türme wurden später abgerissen, was den Steuerzahler erneut 15 Millionen Euro kostete. Die Neuausschreibung gewann die Berliner Architektin Ursula Wilms, die für 20 Millionen Euro einen quadratischen Bau entworfen hat.

Auf dem Prinz-Albrecht-Gelände

liefen im Nazi-Deutschland die Fäden für die Judenvernichtung zusammen. Hier hatte Adolf Eichmann, der Prototyp des Schreibtischtäters, sein Büro, von wo aus er den Völkermord organisierte. Auf dem Gelände hatten die Gestapo (Geheime Staatspolizei) und das Reichssicherheitshauptamt der SS ihre Zentralen. In den Kellern, von denen heute nur noch Reste erhalten sind, folterte die Gestapo ihre Gefangenen, darunter prominente Sozialdemokraten wie Kurt Schumacher oder die Theologen Martin Niemöller und Dietrich Bonhoeffer.